Primary Comparison of SARS-COV2 PCR Samples of Body Fluids In Covıd-19 Cases Admission To Intensive Care UnitEren Karahan1, Gülten Arslan1, Kemal Saraçoğlu1, Serap Demir Tekol21University of Health Sciences, Kartal Dr Lütfi Kırdar City Hospital, Department of Anesthesiology and Reanimation, Istanbul, Turkey
2University of Health Sciences, Kartal Dr Lütfi Kırdar City Hospital, Department of Microbiology, Istanbul, Turkey
INTRODUCTION: SARS-CoV-2 (severe-acute-respiratory-syndrome-coronavirus) is a coronavirus disease that spreads rapidly in the world and causes pandemics and has high mortality rate.The aim of this study is;to compare the SARS-COV2 RT-PCR(Reverse-Transcription-Polymerase-Chain-Reaction) samples of various body fluids in the diagnosis of COVID-19 disease and to investigate the factors affecting mortality.
METHODS: The prospective study was admitted to the Intensive Care Unit(ICU) of 81patients with clinical symptoms and/or nasopharyngeal swab positivity and/or CT findings and diagnosed with Covid-19 and collected from various body samples (nasopharyngeal, tracheal, rectal, stomach, plasma, etc.) whose swabs were obtained by RT-PCR in the first 24hours of hospitalization. Age, gender, comorbid diseases, operation history, Covid-19 diagnostic methods (CT/Nasopharyngeal swab positivity/Clinic), treatment protocols, mechanical ventilation supports, ICU hospitalization and intubation times, feding method, the treatments they received and factors affecting mortality were evaluated.
RESULTS: In our study, it was found out that RT-PCR positivity was most common in nasopharyngeal, then gastric and rectal sampling.Of the patients whose nasopharyngeal sampling was negative (n=55), 7 tracheal, 4 stomach, 5 rectal, 2 plasma sampling were detected as positive. In the patients whose tracheal sampling were negative (n=33), it was observed that 4 had stomach, 3 rectal, 6 nasal, 4 had positive plasma sampling. Advanced age, history of no operation, antibiotic administration, chronic drug use, intubation requirement increased mortality in univariate analysis, and positive tracheal sample decreased mortality. In multiple regression analysis, it was found that only mechanical ventilation was effective on mortality.
DISCUSSION AND CONCLUSION: Nasopharyngeal swabs, which are stated as the gold standard in diagnosis, may not be reliable in diagnosis alone due to their false negativity, testing multiple body samples from the same patient to reduce the possibility of error in the diagnosis may be useful, early diagnosis and treatment may be effective in mortality and the most important risk factor in mortality was found out to be being intubated.
Keywords: intensive care unit, sars-cov2, body fluids samples, diagnostic methods, rt-pcr, mortality
Yoğun Bakım Ünitesine Kabul Edilen Covid-19 Olgularında Vücut Sıvılarına Ait SARS-COV2 PCR Örneklemelerinin KarşılaştırılmasıEren Karahan1, Gülten Arslan1, Kemal Saraçoğlu1, Serap Demir Tekol21Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Kartal Dr Lütfi Kırdar Şehir Hastanesi, Anesteziyoloji ve Reanimasyon Kliniği, İstanbul, Türkiye
2Sağlık Bilimleri Üniversitesi, Kartal Dr Lütfi Kırdar Şehir Hastanesi, Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Kliniği, İstanbul, Türkiye
GİRİŞ ve AMAÇ: Ciddi akut solunum sendromu-koronavirüs (SARS-CoV-2) dünyada hızlı yayılarak pandemiye neden olan ve yüksek mortaliteye sahip bir koronavirus hastalığıdır Bu çalışmanın amacı; Koronavirüs hastalığı-2019 (COVID-19) hastalığının tanısında çeşitli vücut sıvılarına ait SARS-COV2 Reverse Transkripsiyon-Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) örneklemelerini karşılaştırmak ve mortaliteye etki eden faktörleri araştırmaktır.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Prospektif olan çalışmaya, klinik semptomları ve/veya nazofaringeal sürüntü pozitifliği ve/veya BT bulguları ile COVID-19 tanısı alarak Yoğun Bakım Ünitesi (YBÜ)’ne kabul edilen, yatışlarının ilk 24 saatinde çeşitli vücut numunelerinden (nazofaringeal, trakeal, rektal, mide, plazma, idrar) RT-PCR ile sürüntüleri alınan 81 hasta dahil edildi.Olguların yaş, cinsiyet, komorbid hastalıkları, operasyon öyküleri, COVID-19 tanı yöntemleri (Bilgisayarlı Tomografi/Nazofaringeal sürüntü pozitifliği/Klinik), tedavi protokolleri, mekanik ventilasyon destekleri,YBÜ yatış ve entübasyon süreleri, beslenme yöntemi, aldıkları tedavileri,mortaliteye etki eden faktörleri değerlendirildi.
BULGULAR: Çalışmamızda RT-PCR pozitifliğin en sık nazofaringeal, sonrasında mide ve rektal örneklemede olduğu, nazal örneklemi negatif çıkan hastaların(n=55) 7’sinde trakeal, 4’ünde mide, 5’inde rektal, 2’sinde plazma örneklemesinin pozitif olduğu saptandı.Trakeal örneklemi negatif çıkan hastaların(n=33) ise 4’ünde mide, 3’ünde rektal,6’sında nazal,4’ünde plazma örneklemesinin pozitif olduğu gözlendi.Tek değişkenli analizde ileri yaş, operasyon, antibiyotik verilmesi öyküsü olmaması, kronik ilaç kullanımı, entübasyon gereksiniminin mortaliteyi artırdığı, trakeal örneğin pozitif saptanmasının ise mortaliteyi azalttığı belirlendi. Multiple regresyon analizinde ise sadece mekanik ventilasyona bağlanmanın mortalite üzerinde etkli olduğu saptandı.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Tanıda altın standart olarak belirtilen nazofaringeal sürüntülerin yanlış negatifliklerinin olması nedeniyle tek başına tanı konulmasında güvenilir olmayabileceği, tanıda hata olasılığını azaltmak için aynı hastadan birden fazla vücüt örneklemelerinin test edilmesinin yararlı olabileceği, erken tanının ve tedavinin mortalitede etkili olabileceği ve mortalitede en önemli risk faktörünün de entübe olma olduğu kanısına varıldı.
Anahtar Kelimeler: yoğun bakım ünitesi, sars-cov2, vücut sıvıları numuneleri, tanı yöntemleri, rt-pcr, mortalite
Eren Karahan, Gülten Arslan, Kemal Saraçoğlu, Serap Demir Tekol. Primary Comparison of SARS-COV2 PCR Samples of Body Fluids In Covıd-19 Cases Admission To Intensive Care Unit. Kocaeli Med J. 2022; 11(3): 69-78
Corresponding Author: Eren Karahan, Türkiye |
|
Full Text PDF
Print
Download citation
RIS
Share with email
Share
Send email to author
PubMed