Comparison of Prognosis Between SARS-CoV-2 Wild and Variant Lineages in Kocaeli Province, Turkey

Online Makale

Online Hizmetlere Toplu Bakış Online Kayıt ve Konaklama Online Bilimsel Program Dernekler İçin... Referanslarımız Telefon ve e-posta Desteği Bildiri özeti nedir? Bildiri özeti nasıl hazırlanır? Bildiri özeti örnekleri Kabul mektubu örnekleri

Kocaeli Tıp Dergisi

Comparison of Prognosis Between SARS-CoV-2 Wild and Variant Lineages in Kocaeli Province, Turkey [Kocaeli Med J]

Kocaeli Med J. 2022; 11(3): 247-252 | DOI: 10.5505/ktd.2022.24434

Comparison of Prognosis Between SARS-CoV-2 Wild and Variant Lineages in Kocaeli Province, Turkey

Müge Toygar Deniz¹, Murat Sayan², Sıla Akhan³, Sevda Soydan⁴
¹Kocaeli State Hospital, Infectious Disease Clinics, Kocaeli, Turkey
²Kocaeli University,Clinical Laboratory, PCR Unit, Kocaeli, Turkey
³Kocaeli University, Deparment of Infectious Diseases and Clinical Microbiology, Kocaeli, Turkey
⁴Derince Training and Research Hospital, Deparment of Microbiology, Kocaeli, Turkey

INTRODUCTION: Recently, genetic variants of SARS-CoV-2 are becoming increasingly common around the world. RNA viruses constantly accumulate genomic mutations as they spread among humans. In this study, we aimed to compare whether SARS-CoV-2 variants and wild types are associated with different outcomes among COVID-19 patients in Kocaeli, Turkey.
METHODS: Patients aged >14 years with a definitive COVID-19 diagnosis were included. The nasopharyngeal samples were scanned with the Bio-Speedy® SARS-CoV-2 Variant Plus kit (Bioeksen Inc., Istanbul, Turkey), designed to distinguish B.1.1.7, B.1.351, and P.1 strains. Positive detected samples were confirmed by next-generation sequencing.
RESULTS: 53 variants and 33 wild-type lineages infected COVID-19 patients were evaluated in our study. SARS-CoV-2 positive samples from 59 patients were assigned a lineage following next-genome sequencing 52 belonging to the B.1.1.7 lineage, 1 to the South African B.1.351lineage, and 6 to the wild lineage. In the variant group, 46 (86.8%) patients had mild disease.
DISCUSSION AND CONCLUSION: We found that patients with variant lineage had mild disease. Hospitalization and intensive care requirements were less in this group. It is important to detect new genetic variants of SARS-CoV-2 with the sequencing method which is the gold standard for the epidemiology of the virus.

Keywords: SARS-CoV-2, COVID-19, prognosis, SARS-CoV-2 variants

Kocaeli İli, Türkiye'deki SARS-CoV-2 Yabani ve Varyant Soyları Arasındaki Prognoz Karşılaştırması

Müge Toygar Deniz¹, Murat Sayan², Sıla Akhan³, Sevda Soydan⁴
¹Kocaeli Devlet Hastanesi, Enfeksiyon Hastalıkları Kliniği, Kocaeli, Türkiye
²Kocaeli Üniversitesi, PCR Ünitesi, Kocaeli, Türkiye
³Kocaeli Üniversitesi, Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Kocaeli, Türkiye
⁴Derince Eğitim ve Araştırma Hastanesi, Mikrobiyoloji Anabilim Dalı, Kocaeli, Türkiye

GİRİŞ ve AMAÇ: Son zamanlarda, SARS-CoV-2'nin genetik varyantları dünya çapında giderek daha yaygın hale geliyor. RNA virüsleri, insanlar arasında yayılırken sürekli olarak genomik mutasyonlar biriktirir. Bu çalışmada, Kocaeli, Türkiye'deki COVID-19 hastaları arasında SARS-CoV-2 varyantlarının ve vahşi tiplerin farklı sonuçlarla ilişkili olup olmadığını karşılaştırmayı amaçladık.
YÖNTEM ve GEREÇLER: Kesin COVID-19 teşhisi konan 14 yaşından büyük hastalar dahil edildi. Nazofaringeal örnekler B.1.1.7, B.1.351 ve P.1 suşlarını ayırt etmek için tasarlanmış Bio-Speedy® SARS-CoV-2 Variant Plus kiti (Bioeksen Inc., İstanbul, Türkiye) ile tarandı. Pozitif tespit edilen örnekler, yeni nesil dizileme ile doğrulandı.

BULGULAR: Çalışmamızda 53 varyant ve 33 vahşi tip soy enfekte COVID-19 hastası değerlendirildi. 59 hastadan alınan SARS-CoV-2 pozitif numunelere, B.1.1.7 soyuna ait 52, Güney Afrika B.1.351 soyuna ve 6'sı vahşi soylara ait sonraki genom dizilimi sonrasında bir soy atanmıştır. Varyant grubunda 46 (%86,8) hastada hafif hastalık mevcuttu.
TARTIŞMA ve SONUÇ: Varyant soya sahip hastaların hafif hastalığı olduğunu bulduk. Bu grupta yatış ve yoğun bakım gereksinimleri daha azdı. Virüsün epidemiyolojisi için altın standart olan dizileme yöntemi ile SARS-CoV-2'nin yeni genetik varyantlarının saptanması önemlidir.

Anahtar Kelimeler: SARS-CoV-2, COVID-19, prognoz, SARS-CoV-2 varyantları

Müge Toygar Deniz, Murat Sayan, Sıla Akhan, Sevda Soydan. Comparison of Prognosis Between SARS-CoV-2 Wild and Variant Lineages in Kocaeli Province, Turkey. Kocaeli Med J. 2022; 11(3): 247-252

Corresponding Author: Müge Toygar Deniz, Türkiye

TOOLS

Full Text PDF

Print

Download citation

RIS

EndNote

BibTex

Medlars

Procite

Reference Manager

Share with email

Share

Send email to author

Similar articles

PubMed

Google Scholar